Autohtone sorte (grč. αυτο – „auto, sopstveno” i χθων – „zemlja”), samonikle sorte, nastale kao rezultat isključivo prirodnih procesa. Da bi se sorta smatrala autohtonom, neophodno je potvrditi da je nastala na određenom području, odnosno da se otkriju njeni roditelji na tom području, kao i da postoji duga tradicija gajenja te sorte na određenom području. Tradicija dugog gajenja dokazuje se brojem potomaka, heterogenošću populacije, velikim stepenom virusne infekcije unutar populacije, kao i istorijskim i literaturnim izvorima. Autohtone sorte imaju dominantno mjesto u sortimentu Crne Gore. Sorta → kratošija najstarija je autohtona sorta, koja se pominje još u XV vijeku (→ Srednjovjekovni Statut grada Budve). Gaje se i druge autohtone sorte: → vranac, → bijeli krstač, → žižak, → bioka i → čubrica. Prisutan je i veliki broj domaćih, → odomaćenih sorti vinove loze, kao i autohtonih sorti koje nijesu u potpunosti identifikovane. → Ampelografski opis sorti pomoću kodova OIV-a često nije bio dovoljan za sigurnu identifikaciju sorti, već je za sigurnu identifikaciju i utvrđivanje sinonima i homonima sorte urađena → genetička identifikacija sorti (V. Maraš i sar., 2008, 2014, 2020), koja je omogućila utvrđivanje porijekla i → pedigrea crnogorskih sorti. Genetičkom identifikacijom sorti otkriveni su: porijeklo savremenih crnogorskih sorti (od autohtonih i introdukovanih sorti), postojanje anahronih prasorti na ovom području, kao i događaji introgrezije iz populacija → divlje loze koji oblikuju genetsku strukturu pripitomljenih sorti vinove loze. Autohtone, odomaćene i lokalne sorte opstale su kao rezultat viševjekovne prirodne selekcije i odabiranja. Predstavljaju ne samo izvor genetičke raznovrsnosti i diverziteta već im njihova genetska varijabilnost omogućava veću sposobnost prilagođavanja promjenama uslova životne sredine. Nakon inventarizacije crnogorskih vinograda, kao i genetičke identifikacije gajene i divlje vinove loze s potvrđenim → genotipovima, 2016, podignuta je Nacionalna kolekcija crnogorskih autohtonih i odomaćenih sorti u cilju njihovog očuvanja, zaštite, revitalizacije i bolje valorizacije (→ Ampelografska kolekcija vinove loze). Pronađen je 51 nepoznati genotip, koji predstavlja potencijalno nove crnogorske autohtone sorte i razvojni resurs u vinogradarstvu u Crnoj Gori. U Nacionalnoj kolekciji sačuvane su od nestajanja sorte: → belka, bijela bezimena, bijela krupna SR, bijela nepoznata, bijela nepoznata Jelenak, bijela nepoznata Jelenak 2, bijela sitnih bobica, bijela slatka iz Opeke, brastina, cetinka, → crna loza, crna nepoznata Crmnica, crna nepoznata Masline, crna Tomba, → crni krstač, crvena krivaja, čubrica 2, ćelinac, → duljenga, → điritkinja, → gogolj, gojkovića loza, → japudžak, jesenka, kratošija put ka Zagaraču, lisica 2, loza iz Hilandara, → loza Sv. Vasilija Ostroškog, loznica, loznica 2, nepoznata 2, nepoznata bijela Brijestovo, nepoznata bijela Gornji Brčeli, nepoznata bijela Gornji Morinj, nepoznata Brijege, nepoznata Crmnica, nepoznata divlja muška, nepoznata Kosić, nepoznata Kuči, nepoznata Piperi, nepoznata Žabljak, razaklija Brijege, rdecax, ružica, slična vrancu po predolcu, stara kratošija, sura, volovina iz Opeke, → zadrimka, žitkovina i interspecifični hibrid. Ove sorte predstavljene su u Međunarodnom katalogu sorti Vitis − VIVC (Vitis International Variety Catalogue) (→ Baze podataka za rod Vitis).