Kanjoni i klisure, geomorfološki veoma specifične strme i obično uske rječne doline, koje su kao velika udubljenja u reljefu nastala erozivnim djelovanjem rijeke, koja konstantno produbljuje svoje korito i proširuje ili produbljuje rječnu dolinu. Kanjon je rječna dolina čija dubina premašuje polovinu rastojanja između vrhova dolinskih strana („raspon doline”). To su veoma duboki djelovi rječnih dolina, čiji nagibi dostižu 60°, a djelovi mogu imati i potpuno vertikalne strane (klifove). Kanjonske doline mogu biti usječene i više stotina metara, a posebno ih karakteriše dolinsko dno koje je svedeno na širinu rječnog toka. Nasuprot kanjonima, klisure predstavljaju tip rječnih dolina čija je dubina približno jednaka polovini rastojanja između vrhova strana („raspon doline”), nagibi dolinskih strana iznose oko 45°, a dolinsko dno pored rječnog toka ima uski ravničarski pojas, koji je obično predstavljen prepoznatljivim rječnim terasama ili aluvijalnim zaravnima. Klisure i kanjoni uglavnom nastaju u krečnjačkim planinskim oblastima, presijecajući platoe ili planinske predjele. U kompozitnim dolinama velikih rijeka često se javljaju kraće duboko usječene rječne doline, koje imaju prepoznatljivu formu klisure ili kanjona. Ovi kratki, strmi i duboko usječeni djelovi rječnih dolina se u našoj toponimiji često označavaju terminom „sutjeska”. S obzirom na to da predstavljaju velika udubljenja u reljefu, klisure i kanjoni se odlikuju veoma specifičnom mikroklimom, koja se bitno razlikuje od klime koja vlada u prostoru izvan njih. Njihova osnovna klimatska odlika je da u odnosu na svoje okruženje, imaju male varijacije temperature, povećanu količinu vlage i smanjenu količinu svjetlosti. Dodatno, klisure i kanjoni predstavljaju mjesta na kojima se mikroklima nije dramatično mijenjala usljed globalnih klimatskih promjena, koje su se dešavale tokom geološke istorije. Generalno, kada je klima na širim prostorima postajala hladnija, u dubokim kanjonskim dolinama vladali su povoljniji temperaturni uslovi, a kada je klima postajala suvlja i toplija, u kanjonskim dolinama su uslovi bili vlažniji i umjereniji. Zbog ove klimatske specifičnosti klisure i kanjoni predstavljaju ključne refugijume (→ refugijum), odnosno mjesta na kojima je biljni i životinjski svijet mogao da se skloni (pribjegne, pa se zbog toga zovu i „pribježišta”) pred nepovoljnim globalnim promjenama klime, i da se nakon prestanka nepovoljnih klimatskih uslova, upravo iz ovih pribježišta, u procesima prirodnih migracija ponovo vrati na mjesta na kojima su nekada živjeli. U tom smislu klisure i kanjoni Balkanskog poluostrva, uključujući i kanjone Crne Gore, predstavljaju prostor u kome su mnoge biljke preživjele ledeno doba, i sa koga su se ponovo vratile na područje centralne i sjeverne Evrope, odakle su zbog nastupanja lednika sa sjevera morale da se povuku na jug. Upravo zbog toga kanjoni i klisure predstavljaju prostor u kome i danas živi izuzetno veliki broj relikata, odnosno biljaka velike starosti koje su, često, sporadično rasprostranjene u Mediteranu ili različitim djelovima Evrope (→ relikti). To su pretežno šumske biljke, kao što su: → Ilex aquifolium L., Daphne laureola L., Prunus laurocerasus L., → Juglans regia L., Corylus colurna L., Juniperus excelsa MB., Quercus trojana Webb, → Staphylea pinnata L., → Syringa vulgaris L., Tilia caucasica Rupr., Acer obtusatum Willd., → Ostrya carpinifolia Scop., → Taxus baccata L. i druge. Ove biljke su cenobionti najočuvanijih i najizvornijih ekosistema kanjona i klisura ne samo Crne Gore već i Evrope u cjelini. Nasuprot klimatskoj ujednačenosti, esktremna mikroorografska raznovrsnost (raznovrsnost mikroreljefa) čini drugu ključnu osobinu kanjona i klisura kao jedinstvenih staništa. Zbog izuzetno velikih razlika u nagibima terena, nadmorskim visinama, i naročito zbog veoma izražene promjenljivosti ekspozicija kojima su vertikalni kanjonski klifovi i strme strane klisura izloženi, kombinacija mikroekoloških uslova koji vladaju u ovim prostorima, ekstremno je visoka. Ako imamo u vidu da nagibi terena variraju od potpuno ravnih do potpuno vertikalnih uključujući i mjesta sa kontranagibima, da meandrirajući tok rijeke mijenja sve moguće ekspozicije na veoma malim rastojanjima, kao i da se zbog velikih dubina podnožja mogu javiti u submediteranskim, a obodi u subalpijskim vegetacijskim pojasevima, jasno je da je diverzitet mikrostaništa ogroman. Zbog toga ne čudi da se u najdubljim kanjonima na veoma malim prostorima koncentriše ogroman broj vrsta, pa u tom smislu ovi prostori predstavljaju centre diverziteta u širim razmjerama. U isto vrijeme, vegetacija u klisurama i kanjonima pokazuje izraženu specifičnost i veliki diverzitet. Refugijalni prostori u kanjonima i klisurama odlikuju se polidominantnim šumama, koje su po svom sastavu najbliže pliocenskim šumama srednje Evrope. U njima se nalaze, s jedne strane, drevni tercijarni reliktni elementi (Juglans regia L., → Celtis australis L., Corylus colurna L., Ilex aquifolium L., Taxus baccata L., Acer intermedium Pančić, Staphylea pinnata L., Syringa vulgaris L., Tilia caucasica Rupr. i drugi), a sa druge, takozvani savremeni postglacijalni tipovi dendroflore, kao što su: Fagus moesiaca (K. Malý) Czecz., Quercus petraea (Matt.) Liebl., Quercus cerris L., Fraxinus excelsior L., Tilia grandifolia Ehrh. ex W. D. J. Koch, Carpinus betulus L., Acer campestre L., Ulmus glabra Huds. i drugi. Dodatno, ovi šumski ekosistemi zbog odsustva čovjekovog negativnog uticaja, često imaju prašumski karakter, tako da pojedinačna stabla, koja ih izgrađuju, dostižu veliku starost i zadivljujuće dimenzije. Najbolji primjeri ovih prašumskih zajednica nalaze se na lokalitetu → Crna poda u kanjonu rijeke Tare, gdje crni borovi dostižu visinu i do 45 m, i starost od preko 400 godina. Pored reliktnih polidominantnih prašumskih zajednica, zajednice u pukotinama → stijena i → sipara, čine vegetaciju kanjona i klisura jedinstvenom. Jednu od specifičnih osobina klisura i kanjona čini i njihova izolovanost, koja je dovela do toga da ovi prostori predstavljaju i značajne centre endemizma (→ endemi). Naime, savremena saznanja iz evolucione biologije i biogeografije su pokazala da su geografska, reproduktivna i ekološka izolovanost populacija, kao i trajanje te izolovanosti, koja se mjeri geološkim vremenom, od presudnog značaja za formiranje endemičnih biljaka i flore u cjelini. S obzirom na to da su populacije biljaka koje žive u kanjonima i klisurama geografski i reproduktivno, a često i ekološki bile izolovane u dugom vremenskom periodu, stekli su se ključni uslovi za specijsku diferencijaciju, pa je broj endemičnih vrsta u ovim prostorima srazmerno velik. Ovdje treba dodati i to da veliko ledeno doba, koje je inače remetilo nesmetan proces diferencijacije vrsta i obrazovanja endemičnih flora, nije imalo pretjeran uticaj na procese koji su se odvijali u dubokim kanjonskim refugijumima, pa je udio drevnih endemoreliktnih vrsta u flori klisura i kanjona relativno visok. Među značajnijim endemičnim vrstama crnogorskih klisura i kanjona izdvajaju se: Daphne malyana Blečić, Edraianthus tarae D. Lakušić & Surina, Edraianthus glisicii Soška & Černjavski, Aquilegia grata F. Malý ex Zimmeter, Amphoricarpos autariatus Blečić & E. Mayer, Campanula secundiflora Vis. & Pančić, Campanula montenegrina I. Janković & D. Lakušić, Centaurea derventana Vis. & Pančić, Geranium dalmaticum (Beck) Rech. f., Micromeria croatica (Pers.) Schott, → Moltkea petraea (Tratt.) Griseb., Portenschlagiella ramosissima (Port.) Tutin, → Ramonda serbica Pančić, Seseli globiferum Vis., Asperula scutellaris Vis., Viola kosaninii (Degen) Hayek, Athamantha haynaldii Lakušić & Redžić, Teucrium arduinii L., Pinguicula hirtiflora Ten. i druge. Grupi najdubljih kanjona svijeta pripada i Kanjon rijeke Tare u Crnoj Gori. U dijelu kod Obzira njegova dubina iznosi 1.300 m, a u tjesnacu Đavolje Lazi tok Tare se sužava na svega 2 do 3 metra. Takođe, veoma duboke kanjone na teritoriji Crne Gore usijecaju rijeke Piva i Morača. Kanjon Pive ispod Pivske planine, dostiže dubinu od oko 1.100 m, a kanjon Platije u dolini Morače dubinu do 900 m. Jednu od geomorfoloških i hidroloških specifičnosti Crne Gore upravo čini gusta mreža kanjona i klisura koju formiraju glavne crnogorske rijeke i njihove pritoke. Tako ovu specifičnu mrežu pored dugih i dubokih kanjona i klisura koje probijaju Tara, Piva, Morača, Lim i Ibar, izgrađuju i njihove pritoke Mrtvica, Ibrištica, Mala Rijeka, Cijevna, Komarnica, Vaškovska rijeka, Sušica, Draga, Bistrica (Đalovića klisura) i druge. Iako grandiozni i veličanstveni kanjoni i kanjonske doline spadaju u red najznačajniih prirodnih cjelina koje u pogledu florističkog i vegetacijskog bogatstva predstavljaju najinteresantnija područja Crne Gore, u prošlosti su bili malo istraživani, što je u prvom redu bilo uslovljeno njihovom neprohodnošću, nepristupačnošću, odsustvom saobraćajnica, kao i time da su većina od njih predstavljali granična područja prema Otomanskoj imperiji. U novije vrijeme, ovi prostori, kao neponovljivi geomorfološki fenomeni i refugijumi rijetke, reliktne i endemične flore i vegetacije sve više su predmet različitih prirodnjačkih istraživanja. U Crnoj Gori botanički podaci o kanjonskim dolinama su malobrojni i uglavnom nepotpuni, a najcjelovitije i najdragocjenije podatke možemo naći u radovima: → Josefa Rohlene (1942), → Vilotija Blečića (1958), → Radomira Lakušića (1972, 1989), → Vukića Pulevića (1983) i naročito → Zlatka Bulića (1989, 1994, 1998, 2008), koji je najznačajniji dio svojih botaničkih istraživanja upravo posvetio kanjonima Crne Gore. Prvi florista koji je bez zadržavanja prešao preko rijeka Pive i Komarnice bio je njemački konzul → Otto Blau, koji se 1869. godine iz Sarajeva (gdje je službovao) uputio preko Gacka i Pivskog manastira prema → Durmitoru. Penjući se uz strmu obalu Komarnice prema selu Borkovići zapazio je rijetku vrstu Centaurea alpina L. Kanjon rijeke Pive posjetio je 1905. godine češki botaničar Josef Rohlena. Prvo se duže zadržao u okolini Pivskog manastira, a potom i u Mratinju, odakle se uputio prema vrhovima Bioča i Maglića. Najduže i najtemeljitije floru i vegetaciju dolina rijeka Pive i Komarnice, sa širim gravitacionim područjem, izučavao je Vilotije Blečić. Prvi podatak je publikovao 1951, o nalazištima planinske vrste Leontopodium alpinum Cass., od kojih je naročito interesantan termofilni lokalitet u kanjonu Pive, na nadmorskoj visini 500 m, što je jedinstven slučaj u flori Balkanskog poluostrva. Godine 1953. objavljuje obimniji floristički prilog u kojem je opisana i jedna nova vrsta za nauku, Daphne malyana Blečić. Kompleksna Blečićeva vegetacijska istraživanja šireg područja doline rijeke Pive (konceptirana na fitocenološoj osnovi), krunisana su monografijom (1958). Izučena je šumska vegetacija na visinskom pojasu od plavnih šuma uz obalu rijeke, preko termofilnih šuma, zajednica bukve, potom četinara (jele i smrče), do krajnjeg graničnog šumskog pojasa klekovine bora (Pinetum mughi montenegrinum Blečić 1957 (1958)). Proučena je vegetacija na strmim kanjonskim stijenama, kao i sukcesije vegetacije na brojnim siparima i točilima. Za Blečićevo ime vezano je otkriće i koautorski opis još jedne nove vrste iz kanjona Pive – Amphoricarpos autariatus Blečić & E. Mayer (1969). Godine 1976. za potrebe elektroprivrede pregrađen je visokom branom kanjon Pive i tako je stvoreno vještačko jezero znatne dužine i dubine, što je pratila i izgradnja odgovarajuće infrastrukture u okruženju (putevi, dalekovodi, sječa šume i drugo). Tako je došlo do potpunih promjena u kompleksu svih ekosistema, a literaturna građa o flori i vegetaciji ostala je samo kao egzaktna dokumentacija o prvobitnom stanju. Široko razuđeni izvorišni sliv rijeke Tare, u kome nema kanjonskih djelova, posjećivali su brojni botaničari, uglavnom na proputovanju iz pravaca Podgorice i Kolašina prema Komovima i Andrijevici (ili obratno), dok je kanjonski dio rijeke zadugo bio floristički nepoznat, izuzev jedan mali dio u regionu Đurđevića Tare, koji je bio na putu Žabljak–Pljevlja. U radu → Nikolaja Muravjova iz 1935. godine, koji se odnosi na široko područje Durmitora, navedeno je nekoliko vaskularnih biljaka i mahovina iz kanjona Tare, a 1937. dvojica beogradskih botaničara opisuju novu vrstu – Edraianthus glisicii Černjavski & Soška, koju je na stijenama kanjona otkrio Vilotije Blečić. Pola stoljeća nakon tog otkrića, 1987. godine, Radomir Lakušić pronalazi i opisuje novi rod i vrstu – Protoedraianthus tarae Lakušić, koja nakon taksonomske revizije dobija odgovarajući naziv – Edraianthus tarae Lakušić. Dosta cjelovit pregled flore kanjonskog dijela rijeke Tare publikovao je Zlatko Bulić (1989). Među brojnim značajnim biljkama sa ovog područja treba izdvojiti vrste: Daphne malyana Blečić, Adenophora liliifolia (L.) A. DC., Cypripedium calceolus L., Leontopodium alpinum Cass., Aquilegia grata F. Maly ex Zimmeter, Taxus baccata L. i druge. Kanjon rijeke Morače (u užem smislu), kao i brojni kanjoni njenih pritoka dugo vremena su bili nepristupačni za botaničare. Nešto malo podataka bilo je zapisano iz okoline Manastira Morača, koji se nalazio na raskršću puteva. Tu je → Antonio Baldacci otkrio i opisao novu vrstu Hieracium delpinoi Bald. i registrovao rijetku vrstu Daphne laureola L. U kanjonu Morače otkrivena je i opisana nova vrsta Campanula montenegrina I. Janković & D. Lakušić. U novije vrijeme sveobuhvatnu vaskularnu floru kanjona i klisura rijeke Morače izučio je Zlatko Bulić (2008). Kanjon rijeke Cijevne (lijeve pritoke Morače) pod jakim je uticajem mediteranske klime, što potvrđuje prostrano zastupljena zajednica Orno-Quercetum ilicis bertiscum Lakušić & Pulević 1983, sa svim elementima makije, što je ujedno i najdublje prodiranje zimzelene vegetacije uz obale rijeka balkanskog dijela sliva Jadranskog mora. U kanjonu je zastupljen veliki broj endemičnih i drugih značajnih biljaka: Ramonda serbica Pančić, Geranium dalmaticum (G. Beck) Rech. fil., Staehelina uniflosculosa Sibth. & Sm., Valeriana dioscoridis Sm., Pinguicula hirtiflora Ten., Ilex aquifolium L., Hyacinthella dalmatica (Baker) Hayek i drugi. Prvi botaničar koji je posjećivao kanjon Cijevne (crnogorski i albanski dio), i to tri puta: 1900, 1901. i 1903. bio je Antonio Baldacci. Putujući graničnim područjem Crne Gore i Albanije 1914. godine → Ignaz Dōrfler je zalazio i u kanjon Cijevne. U novije vrijeme kraće florističke i vegetacijske priloge publikovali su: Vukić Pulević i Radomir Lakušić (1983), → Sead Hadžiablahović (2004), → Vladimir Stevanović i Zlatko Bulić (1992, 2004). Iscrpni pregled flore kanjona rijeke Cijevne publikovao je Zlatko Bulić (1994, 1998). Veći broj klisura i kraćih kanjonskih dolina botaničari nijesu izučavali. Na prvom mjestu treba istaći atraktivnu Đalovića klisuru (rijeka Bistrica kod Bijelog Polja), tim prije što joj prijeti opasnost od devastacije aktiviranjem Đalovića pećine u turističke namjene.