Endemi, biljni taksoni koji su svojim rasprostranjenjem (arealom) ograničeni na određenu, manju ili veću teritoriju. Prema filogenetskoj starosti endemi se dijele na paleoendeme i neoendeme. Paleoendemi ili konzervativni endemi su filogenetski stari taksoni, koji su nekada imali široko rasprostranjenje, ali su u procesu promjena u okolini postepeno izumirali i nestajali sa teritorije koju su nekada nastanjivali. Takvi „živi fosili” su, na primjer, Ginkgo biloba L. iz Kine i Picea omorika Pančić sa Balkana, čiji su fosilni ostaci pronađeni u Japanu i Njemačkoj (Ostojić, 2005) (→ relikti). Najčešće predstavljaju sistematsko izolovane taksone (monotipske rodove ili vrste iz samostalnih sekcija). Neoendemi ili progresivni endemi su u filogenetskom smislu mlađi taksoni, a njihovo širenje je često ograničeno specifičnim uslovima staništa ili nekom fizičkom barijerom. Neoendemi su česti taksoni polimorfnih rodova, kao što su: → Centaurea L., → Hieracium L., Leucanthemum Mill., → Saxifraga L. i drugi. Prema veličini areala razlikuju se: stenoendemi, lokalni endemi, endemi u širem smislu i subendemi. Stenoendemi su taksoni čije je rasprostranjenje ograničeno na jako mala područja (nekoliko hektara, ari ili čak nekoliko m²) obično na nekom izolovanom ostrvu ili planinskom vrhu. Lokalni endemi su taksoni sa nešto širim rasprostranjenjem, površina njihovih areala je ograničena na teritoriju države. Endemi u širem smislu su taksoni ograničeni na veću teritoriju, koja je dovoljno mala da se uobičajeno taksoni koji ne prevazilaze njene granice, mogu smatrati endemima, kao na primjer Balkansko poluostrvo u odnosu na Evropu (balkanski endemi). Subendemi ili relativni endemi su taksoni čiji je veći dio areala ograničen na neko područje, ali se van njegovih granica mogu naći izolovane – disjunktne populacije (na primjer balkanski endemi čije populacije imaju mali areal i na Apeninima kao munika → Pinus heldreichii H. Christ.). Endemična flora Balkanskog poluostrva je bogata i raznovrsna i čini je između 2.700 i 2.800 taksona (Stevanović et al., 2007). Na Balkanu ubjedljivo prvo mjesto po broju endemičnih taksona pripada Grčkoj, sa čak 1.226 lokalnih (nacionalnih) endema. Na osnovu literaturnih podataka, u flori Crne Gore zabilježena su 372 endemična taksona, koja svojim rasprostranjenjem ne prelaze granice Balkanskog poluostrva (Vuksanović, 2016). Endemični balkanski taksoni u flori Crne Gore čine skoro 11% ukupne vaskularne flore. Paprati (Pterydophyta) nemaju endemičnih predstavnika, dok su golosjemenice (Gymnospermae) zastupljene sa dvije vrste, molika → Pinus peuce Griseb. i munika Pinus heldreichii H. Christ koja je subendem. Floristički najbogatiji razdio su skrivenosjemenice (Magnoliophyta) sa 98,8% balkanskih endemita. U ukupnoj vaskularnoj flori Crne Gore nema endemičnih familija, ali je zastupljen jedan monotipski balkanski endemični rod Petteria C. Presl. Zanovijet → Petteria ramentacea (Sieber) C. Presl. je ujedno i prva opisana vrsta u flori Crne Gore (→ flora). Među balkanskim endemima Crne Gore prevladavaju neoendemi, što ukazuje na aktivne procese specijacije tokom kvartarnih zaleđivanja (glacijacija) u posljednih dva miliona godina, ali nije zanemarljiv ni broj paleoendema. U grupu biljaka koje su evoluirale u mlađim geološkim dobima, a predstavljaju današnje potomke drevnih taksona, spadaju: Petteria ramentacea (Sieber) C. Presl., Daphne malyana Blečić, → Dioscorea balcanica Košanin, → Narthecium scardicum Košanin, Campanula secundiflora Vis. & Pančić, Edraianthus serpyllifolius (Vis.) A. DC., → Ramonda serbica Pančić i dr. Molika Pinus peuce Griseb., takođe, predstavlja izolovani tip u flori Balkanskog poluostrva, jer joj je filogenetski najbliskiji srodnik himalajski bor Pinus wallichiana A. B. Jacks., koji je rasprostranjen u zapadnim Himalajima. Polimorfni rod Hieracium L. je najbrojniji u endemičnoj flori Crne Gore (71 takson). Endemični taksoni iz roda Hieracium L. po pravilu su neoendemi. Poseban značaj u endemičnoj flori Crne Gore imaju lokalni endemi, koji su svojim rasprostranjenjem ograničeni na teritoriju Crne Gore. U Crnoj Gori je utvrđeno 36 lokalnih endema, kao što su: Asperula baldaccii (Halácsy) Ehrend., Dianthus ciliatus (Guss.) subsp. medunensis (G. Beck & Szyszyl.), Cardamine montenegrina Jar. Kučera, Lihová & Marhold, Viola orphanidis Boiss. subsp. nicolai (Pant.) Valentine, Alchemilla bertiscea Martinčić, Gentiana laevicalyx (Rohlena) Rohlena, Gentianella pevalekii Bjelčić & Mayer, Edraianthus glisicii Černj. & Soška, Edraianthus pilosulus (Beck) Surina & D. Lakušić, Edraianthus pulevicii Surina & D. Lakušić, Festuca rohlenae D. Lakušić i drugi. Među lokalnim endemima izdvajaju se stenoendemi, čiji je areal sveden samo na jedan lokalitet, kao što su: Asperula baldaccii (Halácsy) Ehrend. iznad Starog Bara, Arenaria halacsyi Bald. na Kučkom Komu, Berteroa gintlii Rohlena na Lovćenu (Njeguši), Draba bertiscea D. Lakušić & Stevanović na Prokletijama (Maja Kolata), Edraianthus tarae R. Lakušić u kanjonu Tare (Đurđevića Tara), Edraianthus wettsteinii Halácsy & Baldacci subsp. lovcenicus E. Mayer & Blečić na Lovćenu (Štirovnik) i drugi. Lokalni endemi, a posebno stenoendemi predstavljaju važan biološki resurs i od globalnog su značaja za očuvanje genofonda i biodiverziteta. Daleko je veći broj endemičnih vrsta u flori Crne Gore koji svojim arealom zahvataju teritorije susjednih država, kao što su: Lunaria telekiana Jáv., Euphorbia pancicii G. Beck, Cardamine rupestris (O. E. Schultz.) K. Malý, Lathyrus binatus Pančić, Heliosperma macranthum Pančić, Verbascum durmitoreum Rohlena. Balkanske endemične vrste i podvrste u flori Crne Gore koje su rasprostranjene i u drugim državama Balkana (Hrvatskoj, Srbiji, Makedoniji, Grčkoj ili Bugarskoj), a koje na teritoriji Crne Gore dostižu svoju sjevernu, zapadnu ili južnu granicu rasprostranjenja, najbrojnije su. Takvi taksoni su: Asperula wettsteinii Adamović, Armeria canescens (Host.) Boiss. subsp. dalmatica (Beck) Trinajstić, Pinus peuce Griseb., Rumex balcanicus Rech. fil., Herniaria nigrimontium F. Herm., Minuartia mesogitana (Boiss.) Hand.-Mazz. subsp. velenovskyi (Rohlena) McNeil, Dianthus tristis Velen., Aconitum pentheri Hayek i drugi. Osnovni tip endemizma u Crnoj Gori je visokoplaninski. U tom pogledu izdvajaju se → Durmitor sa kanjonskim dolinama rijeka Pive i Tare, → Komovi i primorske planine → Lovćen i → Orjen, koje se nalaze u grupi balkanskih planina sa najvećim brojem endemičnih biljaka. Ovo se objašnjava činjenicom da je na ovim planinama ostvarena geografska, genetička i ekološka izolovanost populacija, kao i da je trajanje te izolovanosti bilo dovoljno za obrazovanje endemične flore. Smatra se da su presudan uticaj na planinsku floru Crne Gore imale glacijacije uzrokujući proces diferencijacija vrsta i obrazovanje endemične flore. I ostali planinski masivi Crne Gore odlikuju se manjim ili većim stepenom endemizma. Neujednačenost u broju endemičnih taksona na planinskim masivima Crne Gore rezultat je i činjenice da su planine poput Durmitora i Lovćena detaljno floristički istraživane, dok na primjer za planinski masiv → Sinjajevine ima malo podataka. Osim visokoplaninskog endemizma, na teritoriji Crne Gore je izražen i edafski (ekološki) endemizam. Krečnjački masivi Crne Gore su daleko bogatiji endemičnim vrstama nego silikatni. Najmanje endemičnih taksona je zabilježeno u mediteranskom dijelu Crne Gore. Ovo se može objasniti uskim pojasom Mediterana u Crnoj Gori, kao i činjenicom da su na Primorju urbanizacijom uništena neka prvobitna prirodna staništa, koja preferiraju endemične biljke.