Botaničke zbirke u Prirodnjačkom muzeju Crne Gore, zbirke u kojima se čuva botanički materijal – vaskularne biljke i → mahovine, kao i → lišajevi, → gljive i alge koje se većinom čuvaju kao mokri preparati. U Zbirci cvjetnica i paprati, prvi predmeti pohranjeni su 1999. godine. Zbirku čini više od 3.500 eksikata (herbarski listovi) i preko 250 mokrih preparata. Botanički materijal je najvećim dijelom iz Crne Gore, dok je manji broj sa prostora drugih balkanskih zemalja (Albanija, Bugarska). Herbar čine visokoplaninske biljke sa prostora: → Sinjavine, Moračkih planina, → Bjelasice, → Komova, → Prokletija, → Durmitora, biljke kanjona rijeka Morače i Komarnice, biljke vodenih i vlažnih staništa (makrofite, → higrofite) sa prostora → Skadarskog jezera, → Plavskog jezera, Bukumirskog jezera, Rikavačkog jezera i Kapetanovog jezera, akumulacija Krupac, Vrtac i Liverovići, rijeke Gračanice, Zete, Matice, Morakovskih bara, Buljarice, Velike plaže, Ulcinjske solane, Tivatskih solila, kao i biljke iz drugih djelova Crne Gore. Zbirka mahovina formirana je 1998. godine i temelji se na kolekciji koja je dobijena na poklon od crnogorskog botaničara → Vukića Pulevića, koji je krajem 60-ih godina XX vijeka sakupljao mahovine od Primorja do planina na sjeveru Crne Gore (determinaciju vrsta obavio je hrvatski briolog → Zlatko Pavletić). Tokom prethodnih 20-ak godina ova zbirka se u kontinuitetu dopunjavala, pa danas sadrži više od 3.000 eksikata mahovina, većinom sabranih u kanjonima rijeka (Mrtvica, Morača, Tara, Komarnica), sa planina: Sinjavine, Durmitora, Bjelasice, → Ljubišnje, Komova i iz drugih područja Crne Gore. U okviru Zbirke mahovina čuva se oko 370 eksikata lišajeva, koji su sakupljeni u Crnoj Gori. Najveći dio kolekcije je dobijen na poklon od → Branke Knežević, koja je zajedno sa lihenolozima sa Univerziteta u Gracu (→ Helmut Mayrhofer, → Peter Othmar Bilovitz) uradila njihovu identifikaciju. Istraživanje algi i vodenih biljaka (makrofita) i rad u Zbirci algi Prirodnjačkog muzeja Crne Gore počeo je 1997. godine. Predmeti se čuvaju u okviru „mokre zbirke” (1.035 uzoraka konzervirano je 4% formalinu) i u herbaru (56 herbarskih listova), kao i 73 mikroskopskih preparata silikatnih algi. Materijal je najvećim dijelom prikupljen na teritoriji Crne Gore (Mrtvica, Morača, Mareza, Vrela Ribnička, Skadarsko jezero, Rijeka Crnojevića, Plavnica, Ulcinj, Vučje i Krnovo, Ulcinj, Bokokotorski zaliv, Biogradska gora), dok je manji broj sa prostora drugih balkanskih zemalja (Makedonija, Srbija, Slovenija i Hrvatska). Zbirka gljiva formirana 2002. godine, jedna je od najmlađih zbirki. Do sada je prikupljeno, preparirano i taksonomski obrađeno oko 1.000 predmeta. Najveći broj vrsta pripada razdjelu Basidiomycota; u manjem broju zastupljene su Ascomycota. Svaki predmet sadrži 1–5 primjeraka, koji su sakupljeni na teritoriji Crne Gore: Durmitor, Ljubišnja, Lovćen, Bjelasica, manjim dijelom na Crnogorskom primorju.