Rijetke, prorijeđene i ugrožene vrste, biljni taksoni koji zahtijevaju posebnu pažnju i zaštitu. Sa tog aspekta važno je da se raspolaže sa preciznim podacima o lokacijama, broju njihovih subpopulacija, kao i brojnosti jedinki u njima. Neke biljke su u Crnoj Gori pronađene samo na jednom ili dva lokaliteta. Među ovim nalazima ima veoma starih literaturnih podataka, koje je neophodno provjeriti na terenu, kako bismo sa sigurnošću znali da li je ta vrsta i dalje element flore Crne Gore, ili je iščezla usljed raznovrsnih antropogenih uticaja. Takvi podaci postoje za vrste: Linaria chalepensis (L.) Miller, Oldenlandia capensis L., Potamogeton trichoides Cham. & Schlecht., Carex mucronata All., Aceras anthropophorum (L.) Aiton fil., Ophrys reinholdii Sprunger ex Fleischm. Među rijetkim vrstama značajem se ističu endemi: Staehelina uniflosculosa Sibth. & Sm. – balkanski endem, zabilježena samo na dva lokaliteta: u kanjonu Cijevne i na → Ćemovskom polju; Edraianthus dalmaticus A. D. C. – balkanski endem, njegovo prisustvo u flori Crne Gore bilo je upitno do 2007. godine, kada je pronađen u Budoškim barama kod Nikšića; Edraianthus wettsteinii Halácsy & Bald. subsp. lovcenicus E. Mayer & Blečić – takson je arealom vezan za Štirovnik na → Lovćenu, s obzirom na malobrojnu populaciju koja zauzima, malu površinu, biljka ima status kritično ugrožene (CR) u flori Crne Gore; Asperula baldaccii (Halácsy) Ehrend. – lokalni endem uskog rasprostranjenja, do sada pronađen samo na jednom lokalitetu iznad Starog Bara; → Dioscorea balcanica Košanin – balkanski endem, u Crnoj Gori zastupljena samo u okolini Nikšića. Nijesu samo endemične biljke rijetke. Vrsta Marsilea quadrifolia L. ima cirkumborealno rasprostranjenje, a u Crnoj Gori je veoma rijetka; do nedavnog nalaza u blizini Žabljaka Crnojevića, postojala je opravdana sumnja da je iščezla iz crnogorske flore. Tisa (→ Taxus baccata L.), lincura (Gentiana lutea L. subsp. symphyandra (Murb.) Hayek), trava od Rumije (Onosma visianii G. C. Clementi), neke su od vrsta crnogorske flore koje su prorijeđene zbog prekomjerne eksploatacije. Tisa se siječe zbog kvalitetnog drveta, koje je pogodno za rezbarske radove; od njega se prave i amajlije, zbog vjerovanja u zaštitničku moć tisovog drveta. Lincura i trava od Rumije se sabiraju zbog svoje ljekovitosti, a kako se ljekovite materije obje vrste nalaze u podzemnim organima, nestručno sabiranje brzo dovodi do smanjenja populacija. Sve tri vrste su i dalje ugrožene u Crnoj Gori. Najčešće, uzrok prorijeđenosti niza psamofita je urbanizacija plaža, izgradnja hotelskih kompleksa i stambenih objekata u priobalnoj zoni. Balučka (→ Pancratium maritimum L.) je naseljavala okolinu Budve i par lokaliteta u → Boki Kotorskoj, dok danas raste samo na Velikoj ulcinjskoj plaži. Euphorbia paralias L. je bilježena na nekoliko mjesta duž crnogorske obale; sad se nalazi samo na Ulcinjskoj plaži i na Adi Bojani, i na ovim lokalitetima su joj populacije znatno redukovane posljednjih dvadeset godina. Značajna redukcija populacije zabilježena je i za vrstu Ammophila arenaria (L.) Link, psamofitsku travu kojoj je u Crnoj Gori dodijeljena IUCN kategorija ugrožene vrste (EN). Posljednjih godina se na Velikoj plaži u Ulcinju preduzimaju konzervacione mjere, ali uprkos tome → psamofite su i dalje ugrožene, posebno imajući u vidu razvojne planove za ovo područje. Visokoplaninske vrste koje rastu na teško pristupačnim terenima obično nijesu ugrožene, čak i one koje su rijetke. U ovu kategoriju biljaka u Crnoj Gori spadaju: Draba bertiscea D. Lakušić & Stevanović – endem → Prokletija, zabilježena na Bjeliču i Maja Kolati, Androsace komovensis Schönswetter & Schneeweiss – endem → Komova i Prokletija, raste u pukotinama stijena na Kučkom Komu, Pedicularis ernesti-mayeri Stevanović, Niketić, D. Lakušić – endem Prokletija, zabilježen na Maja Kolati. Ipak, ima i visokoplaninskih vrsta koje su ugrožene, poput Cerastium dinaricum G. Beck & Szysz. koja u Crnoj Gori raste na više planinskih masiva (→ Volujak, → Durmitor, Kučke planine, → Komovi, Prokletije), ali ima malobrojne populacije. Biljka naseljava pukotine stijena sa veoma hladnom mikroklimom. Istraživanja su pokazala da kvalitet staništa opada zbog klimatskih promjena i u flori Crne Gore dodijeljena joj je IUCN kategorija ugrožene vrste (EN).