Jezera, slatkovodni lentički ekosistemi (stajaće vode) i u Crnoj Gori ih ima 56, od čega je prirodnih 48. U ovaj broj ulaze i povremena jezera, koja ljeti presušuju i imaju više karakteristike lokvi ili močvara. Većina crnogorskih jezera su planinska jezera, a ravničarska su samo dva, → Skadarsko i → Šasko jezero, koja su ujedno i dva najveća jezera i imaju močvarni karakter. Za crnogorska jezera karakteristično je da nivo njihove organske produktivnosti raste idući od sjevera ka jugu Crne Gore. Planinska jezera pokrivaju 0,03% teritorije Crne Gore, ali tako mali procenat nije posljedica malog broja ovih jezera, već njihove male površine (i dubine). Od prirodnih planinskih jezera najveće je → Plavsko jezero (2 km²) na → Prokletijama, a najdublje je Crno jezero (49 m) na → Durmitoru. Na najvećoj nadmorskoj visini nalazi se Ridsko (Hridsko) jezero (1.970 m) na sjeveroistočnom dijelu masiva Prokletija. Najveći broj planinskih jezera Crne Gore vezani su za masiv Durmitora (17 većih i više manjih, povremenih jezera i lokvi) i → Bjelasice (15 stalnih i periodičnih jezera i lokvi) i uglavnom leže u cirkovima, uvalama i vrtačama. Planinska jezera Crne Gore su u osnovi ledničkog porijekla, ali su u njihovom postanku, pored glacijacije, učestvovali i drugi faktori, uglavnom tektonski pokreti, erozija i kraški procesi, pa većina ima poligeno porijeklo. Planinska jezera se razlikuju i po vodnom bilansu, pri čemu samo Plavsko jezero ima stalnu pritoku i otoku i ujednačen vodni bilans, tj. predstavlja pravi protočni tip jezera. S obzirom na način postanka, pedološku podlogu i nadmorsku visinu na kojoj se nalaze, većinu karakteriše primarna oligotrofija, odnosno mala produktivnost. Voda u njima je čista, bistra i bogata kiseonikom, a siromašna mineralnim solima. Sa izuzetkom nekoliko stalnih jezera, koja imaju manje-više močvarni karakter (Plavsko, Zminje, → Barno, Pošćensko, Zminičko), u planinskim jezerima je vegetacija vodenih biljaka uglavnom slabo razvijena, pa osnovu lanaca ishrane čine alge i alohotone organske materije. Za razliku od pojedinih planinskih jezera koja nijesu ugrožena prirodnim procesima, niti ljudskim djelatnostima, ima i onih koja su ozbiljno ugrožena. U priobalnom pojasu pojedinih jezera prisutna je erozija, usljed čega se jezerski baseni zasipaju, a sličan uticaj imaju i pritoke nekih jezera, poput zasipanja Plavskog jezera nanosima rijeke Ljuče. Pored toga, u nekim jezerima, naročito ljeti, izraženo je sve veće gubljenje vode u ponorima ili procjeđivanjem kroz morenski materijal na dnu (primjer Crnog i Biogradskog jezera), pa im se vremenom mijenjaju morfometrijske i hidrološke osobine. Svi ovi procesi, udruženi sa antropogenim pritiskom, uzrokuju ubrzavanje procesa zarastanja i iščezavanja jezera, pa su mnoga u posljednjoj fazi evolucije i neophodno je preduzeti mjere za njihovu zaštitu i očuvanje. U Crnoj Gori postoji 8 vještačkih jezera, od kojih su 6 u opštini Nikšić (Krupac, Slano, Vrtac, Liverovići, Grahovsko i Bilećko), 1 je u opštini Pljevlja (Otilovići) i 1 u opštini Plužine (Pivsko). Jezera Krupac, Slano i Vrtac formirana su za potrebe hidroelektrane ,,Perućica”, jezero Liverovići – za potrebe nikšićke Željezare, Grahovsko jezero služi uglavnom za navodnjavanje, dok je Bilećko jezero formirano za potrebe termoelektrane u Bileći i teritoriji Crne Gore pripada samo dio ovog jezera. Otilovićko jezero nastalo je podizanjem brane na rijeci Ćehotini za potrebe pljevaljske termoelektrane. Pivsko jezero je najveće od svih crnogorskih akumulacija i nastalo je potapanjem jednog dijela kanjona Pive podizanjem brane, koja po svojim dimenzijama (220 m visine) predstavlja jednu od najvećih u Evropi. Ovo je ujedno i najdublje jezero u Crnoj Gori (maksimalna dubina 188 m) i smatra se najvećim rezervoarom pitke vode u Evropi. Najveći doprinos proučavanju mikroalgi crnogorskih jezera dala je → Smiljka Petković, koja u većini istraživanja (1970–1988) osnovnu pažnju usmjerava na identifikaciju taksona planktonskih algi i praćenje njihove sezonske dinamike. Početkom XXI vijeka algološka istraživanja nastavlja → Jelena Rakočević (2001–2018), koja osim proučavanja fitoplanktona, svoja istraživanja proširuje i na fitobentos. Makrofitske alge (harofite) u crnogorskim jezerima istraživala je → Jelena Blaženčić, koja je izvršila kompletnu inventarizaciju harofita u crnogorskim jezerima, a u novije vrijeme harofite proučava i → Vera Biberdžić. Najveći broj taksona algi zabilježen je u Skadarskom jezeru (1.093 taksona mikroalgi i 30 taksona harofita), što je na jednoj strani povezano sa veličinom i hidrološkim specifičnostima ovog jezera, a na drugoj strani i sa činjenicom da je ovo jezero najviše proučavano od svih crnogorskih jezera. Ostala jezera u Crnoj Gori karakteriše znatno manji broj taksona mikroalgi (od 87 taksona u Visitorskom jezeru do 378, koliko je registrovano u Crnom jezeru), ali ovaj spisak još uvijek nije konačan. Znatno manje su proučene vaskularne vodene biljke crnogorskih jezera, koje su istraživane uglavnom sporadično i usputno – jedan dio ovih istraživanja vezuje se za Jelenu Blaženčić, a kada je u pitanju Skadarsko jezero i za → Seada Hadžiablahovića. Pored Skadarskog jezera, jedino o Barnom jezeru postoji detaljnija studija vodenih biljaka, koju su 1973. godine publikovali engleski istraživači → Harry John Bettley Birks i → Stuart Max Walters.