Mikroflora vina, mikroorganizmi značajni za proizvodnju, sastav i kvalitet vina. Raznolikost i broj mikroorganizama na grožđu zavisi od zdravstvenog stanja grožđa, a glavni mikroorganizmi prisutni na grožđu su → kvasci (izolovano je više od 40 vrsta), dok su u manjem broju prisutne bakterije mliječne i sirćetne kiseline. Iako je → šira prilično bogata hranljivim sastojcima, niska pH vrijednost šire i visok sadržaj šećera u širi čine je selektivnom, te se samo nekoliko vrsta bakterija i kvasaca u njoj može nesmetano razmnožavati. Dominantne divlje vrste kvasaca na površini → bobice grožđa su Candida, Hanseniaspora, Hansenula, Metschnikovia i Pichia. Broj kvasaca Saccharomyces Cerevisiae vrlo je nizak na grožđu, dok su drugi ne-Saccharomyces kvasci prisutni u velikom broju; međutim, i njihov broj u toku → alkoholne fermentacije opada. Vrsta kvasaca Saccharomyces Cerevisiae je veoma tolerantna na visok sadržaj alkohola, pa i populacija u fermentaciji dostiže visok broj, u posljednjoj fazi postaje dominantna i završava proces alkoholne fermentacije vina. Vrste kvasaca poput Brettanomyces, Kluyveromyces, Schizosaccharomyces, Torulaspora i Zygosaccharomyces takođe mogu biti prisutne tokom fermentacije u vinu. Neke vrste smatraju se štetnim po vino jer proizvode metabolite s nepoželjnim uticajem na senzorna svojstva vina. Raznolikost i brojnost bakterija mliječne kiseline u vinu zavisi od → pH vrijednosti vina i sadržaja sumpor-dioksida. Broj bakterija mliječne kiseline raste sa većom vrijednošću pH, a bakterije koje se mogu naći na grožđu, u širi i vinu pripadaju redu Oenococcus, Pediococcus, Lactobacillus i Leuconostoc. Bakterije sirćetne kiseline su štetni mikroorganizmi u vinu. U širi i u vinu mogu biti prisutne gljivice Botryotinia, Uncinula, Alternaria, Plamapara, Aspergillus, Penicillium, Rhizopus, Oidium i Cladosporium, koje mogu inficirati grožđe prije berbe.