Nevladine organizacije (NVO), udruženja i fondacije koje funkcionišu kao neprofitne i nestranačke organizacije sa članstvom, radi ostvarivanja određenih zajedničkih ili opštih ciljeva i interesa. U Crnoj Gori se prve NVO formiraju početkom 90-ih godina XX vijeka. Značajnije projekte iz oblasti botanike realizovali su: NVO Zelena Gora iz Podgorice, projekat identifikacije značajnih staništa za biljke (IPA projekat) i objavila brošuru sa projektnim rezultatima; NVO EnvPro iz Podgorice realizuje projekat koji se odnosi na konzervaciju endemičnih, rijetkih i ugroženih biljaka na → Orjenu, sa akcentom na Iris orjenii Bräuchler & Cikovac (→ Iris Tourn. ex L.); NVO LivinGreen iz Podgorice je realizovao niz aktivnosti u vezi sa zaštitom i očuvanjem lovćenskog zvončića (Edraianthus wettsteinii Haláscy & Baldacci subsp. lovcenicus E. Mayer & Blečić); Udruženje biologa Crne Gore – Cellula i Udruženje ljubitelja Gorice i prirode realizuju projekat koji uvodi mlade ljude u botanička i druga prirodnjačka istraživanja; aktivnosti se odvijaju na brdu Gorica i u Mediteranskom vrtu; NVO Crnogorsko društvo ekologa je kroz istraživanja biodiverziteta na području uvale Buljarica realizovala projekat kojim su bila obuhvaćena i floristička istraživanja, sa akcentom na ugrožene, rijetke i endemične vrste, i identifikovana značajna staništa biljnih vrsta. Ovi podaci su objavljeni u vidu studije. Takođe, članovi ove organizacije rade na mapiranju stabala skadarskog hrasta i njegovih zajednica, na područjima od Danilovgrada do Ulcinja; u cilju njegovog očuvanja, ove endemične vrste, podižu sadnice iz žirova prikupljenih na terenu i rade na njihovoj sadnji na lokacijama na kojima su nekada bile prisutne šume ovog hrasta; ista NVO realizuje projekat u okviru kojeg se proučavaju i opisuju šume munike iz ugla raznih biodiverzitetskih segmenata šumskog ekosistema, ali i obavljaju prva dendrohronološka istraživanja u Crnoj Gori, pomoću kojih se upoznaju uticaji klimatskih i mikroklimatskih promjena sredine koji su zapisani u samim stablima ovog bora; NVO Natura iz Kolašina, zajedno sa profesorima sa Biotehničkog fakulteta, sakuplja sjeme lincure i podiže nove biljke na oglednim parcelama u Trebaljevu, radi presađivanja na područja → Sinjavine, → Bjelasice i → Durmitora.