Slatkovodne alge, vrlo raznovrsna grupa fotosintetskih organizama iz različitih filogenetskih grupa, počev od jednoćelijskih, preko kolonijalnih, do višećelijskih oblika, koji naseljavaju stajaće i tekuće kopnene vode. Prvi podaci o slatkovodnim algama Crne Gore nalaze se u radovima sa samog početka XX vijeka i vezani su uglavnom za → Skadarsko jezero i strane istraživače, kao što su: → Wilhelm Schmidle (1901), → Achille Forti (1902), → Vincenz Brehm & → Emmerich Zederbauer (1905), → Đorđe Protić (1908), → Jan Vilhelm (1908, 1913), → Fritz Gessner (1934), → Friedrich Hustedt (1945). Ove rane studije su bile sporadične, dosta ograničene u istraživanju i uglavnom su se odnosile na popisivanje taksona algi. Tek nakon Drugog svjetskog rata u Crnoj Gori se pokreće formiranje naučnih institucija iz oblasti prirodnih nauka, pa počinje uključivanje domaćih istraživača u algološka istraživanja. Domaći istraživači su u početku bili orijentisani uglavnom na Skadarsko jezero. Tako, među prvima, u studiji o organskoj produkciji Skadarskog jezera, → Radomir Nedeljković (1959) navodi podatke o fitoplanktonu. U sljedećih nekoliko godina taksonomska lista algi ovog jezera se dopunjavala istraživanjima → Darinke Milovanović (1959–1968). Doprinos poznavanju ultrastrukture nekih silikatnih algi Skadarskog jezera dao je → Lazar Jerković (1973, 1974, 1983). Najveći doprinos proučavanju mikroalgi Skadarskog jezera dala je → Smiljka Petković, koja je u većini istraživanja (1970–1988) osnovnu pažnju usmjeravala na identifikaciju taksona planktonskih algi i praćenje njihove sezonske dinamike. U sedmoj deceniji XX vijeka kreće i istraživanje algi planinskih jezera Crne Gore, o čemu svedoče radovi Smiljke Petković objavljeni u periodu 1971–1987. godine. Početak XXI vijeka obilježavaju algološka istraživanja → Jelene Rakočević (2001–2018), koja dopunjava listu mikroalgi Skadarskog jezera i daje sveobuhvatne podatke o fitoplanktonskoj i perifitonskoj zajednici ovog jezera, a potom istraživanja širi i na planinska i akumulaciona jezera. Proučavanje makrofitskih slatkovodnih algi (harofita) u Crnoj Gori vezano je uglavnom za drugu polovinu XX vijeka i istraživanja → Jelene Blaženčić, čiji je višedecenijski rad na inventarizaciji harofita u akvatičnim ekosistemima Crne Gore 2015. godine rezultirao publikovanjem monografije Katalog harofita (Charales) Crne Gore. Značajan doprinos poznavanju harofita Crne Gore dala je → Vera Biberdžić, koja od 1997. godine, kao kustoskinja u Zbirci algi u → Prirodnjačkom muzeju Crne Gore, proučava hare Skadarskog jezera, u najvećem obimu, ali se bavi istraživanjem i drugih područja.

Na osnovu do sada objavljenih podataka o slatkovodnim algama, u Crnoj Gori je registrovano preko 1.250 taksona mikroalgi i 38 taksona makroalgi (harofita). Najveći broj taksona algi iz obije grupe zabilježen je u Skadarskom jezeru: 1.093 taksona mikroalgi (od kojih više od 700 nijesu zabilježene na drugim mjestima u Crnoj Gori) i 30 taksona harofita (24 u crnogorskom dijelu jezera), što je u skladu sa velikom površinom, prostornom heterogenošću i hidrološkim specifičnostima Skadarskog jezera. Ostala jezera u Crnoj Gori karakteriše manji broj taksona mikroalgi, koji još uvijek nije konačan, budući da je u ovim jezerima, sa izuzetkom Crnog jezera, uglavnom vršen popis vrsta fitoplanktona, rjeđe i fitobentosa. Broj taksona algi se u ovim jezerima kreće od 87 (Visitorsko jezero) do 378 (Crno jezero). Flora algi rijeka u Crnoj Gori je slabije proučena, a taksonomske liste postoje samo za sisteme rijeka Tare, Morače, Ćehotine, Pive i Komarnice.

Za floru mikroalgi crnogorskih voda karakteristična je generalno dominacija silikatnih i zelenih algi. Slatkovodni ekosistemi Crne Gore razlikuju se prvenstveno po trofičnim uslovima, što se odražava i na sastav, strukturu i biomasu zajednica algi. Tako, planinska jezera sjevernog dijela Crne Gore karakterišu oligotrofni uslovi, sa malom ukupnom biomasom algi i dominacijom dijatomeja. Idući južnije, trofični status raste (ka mezotrofnom i eutrofnom), što osim porasta biomase algi, rezultira i promjenom strukture zajednica, u smislu povećanja procentualnog učešća zelenih i modrozelenih algi, što je naročito izraženo u Skadarskom jezeru. Drugim riječima, florističko bogatstvo algi i nivo organske produktivnosti jezera rastu idući od sjevera ka jugu Crne Gore.