Prirodnjački muzej Crne Gore, javna ustanova osnovana 4. aprila 1995. godine odlukom Skupštine Crne Gore. Muzej je formiran na osnovu prirodnjačke zbirke, koja je Uredbom Vlade Crne Gore 1961. godine bila osnovana pri → Republičkom zavodu za zaštitu prirode Crne Gore, koji je bio smješten u zgradi nekadašnje osnovne škole, na Trgu, kraj Sahat-kule, u Titogradu (današnjoj Podgorici). U zbirci se čuvalo više stotina prepariranih životinja, najviše ptica sa → Skadarskog jezera, riba i sisara, ali i veoma vrijedan herbarijum balkanskih zemalja. Zbirka je bila prezentovana u sklopu stalne izložbe, kroz učešća na sajmovima lova i ribolova i u časopisu Glasnik Republičkog zavoda za zaštitu prirode i Prirodnjačke zbirke (prvi broj časopisa objavljen je 1968. godine). Dokumentacija o predmetima u zbirci nije vođena, te za neke nedostaju osnovni podaci. U zemljotresu 1979. godine zgrada Republičkog zavoda za zaštitu prirode je oštećena, pa je zbirka, koja je ostala sačuvana, morala da se izmjesti. Preseljenje i čuvanje u neadekvatnim uslovima doveli su do oštećenja pojedinih predmeta. Godine 1985. zbirka je vraćena u renoviranu zgradu Republičkog zavoda za zaštitu prirode i bila je smještena u novi izložbeni prostor, do osnivanja Prirodnjačkog muzeja, 1995. godine. Nakon što je registrovan, 20. novembra 1995. godine, Prirodnjački muzej je započeo svoj rad. Izložba je tada zatvorena jer su izložbene prostorije preuređene u radne prostorije Muzeja, a prirodnjački materijal je smješten u depo u kojem se muzejske zbirke i danas nalaze. Jedan od osnivača i prvi direktor Prirodnjačkog muzeja bio je Ondrej Vizi, diplomirani biolog i ornitolog, koji je do tada radio u Republičkom zavodu za zaštitu prirode (od kojih je i preuzet dio kadra). Prvih nekoliko godina, stručni kadar Prirodnjačkog muzeja činila su 4 kustosa, u okviru: Zbirke cvjetnica i paprati, Zbirke insekata, Zbirke beskičmenjaka i Zbirke sisara (iako je obavljao posao direktora, Ondrej Vizi je vodio računa o Zbirci ptica, pa se formalno može reći da je tada Muzej imao 5 kustosa), 1 konzervator i 1 preparator. Muzej je napredovao iz dana u dan: uslovi za rad su postajali bolji, pa se vrlo brzo javila potreba za mladim, novim stručim kadrom. Pri zapošljavanju, blagu prednost su imali biolozi koji su završili → Prirodno-matematički fakultet – Studijski program Biologija u Podgorici. Najbolji među njima su izabrani za kustose „pionire”, koji su zbirke, što su postojale samo na papiru, počeli da popunjavaju: Zbirka algi i Zbirka mahovina (1997), Zbirka cvjetnica dobija jednog, pa uskoro i drugog kustosa (1999, 2000), Paleozoološka zbirka (1999), Zbirka gmizavaca, Zbirka vodozemaca (2000), Zbirka gljiva i Zbirka riba (2002) i Zbirka ptica (2005). U Muzeju radi 13 kustosa (6 doktora nauka, 5 magistara) koji vode 15 zbirki, od čega su 4 geološke i 11 bioloških u okviru kojih se čuva više od 15.000 primjeraka stijena, minerala, fosila, prepariranih biljaka, životinja, gljiva i lišajeva. Sve muzejske zbirke vode muzejski savjetnici. Marko Karaman je 2000. godine bio prvi magistar bioloških nauka u Prirodnjačkom muzeju, a → Snežana Dragićević prvi doktor bioloških nauka od 2008. godine. Prirodnjački muzej Crne Gore 2002. godine osniva i pokreće naučni i naučnopopularni časopis Natura Montenegrina, koji je do 2021. godine izašao u 14 brojeva (elektronsko izdanje). Izdavačka djelatnost Muzeja predstavljena je kroz seriju posebnih štampanih izdanja. Prva knjiga objavljena je 2006. godine, Pregled mahovina Crne Gore, autora Snežane Dragićević i → Milana Veljića. Prirodnjački muzej 2012. godine postaje i matični muzej; dva kustosa, uz vođenje zbirki, obavljaju i posao matične djelatnosti. Muzej je prva ustanova iz resora kulture u Crnoj Gori koja je dobila status naučnoistraživačke ustanove. Prva stalna izložba pod nazivom „Priroda nas spaja” postavljena je 1. jula 2014. godine, a nastala je tokom realizacije Adriatic IPA projekta „Museumcultour”, koji je finansirala Evropska unija. Izložba je trajala do januara 2017. godine.