Republički zavod za zaštitu prirode Crne Gore, osnovan 1961. godine kao samostalna ustanova sa sjedištem u Titogradu (Podgorici). Iste godine osnovana je i Prirodnjačka zbirka, takođe kao samostalna ustanova sa statusom pravnog lica. Godine 1963. donijeta je uredba o pripajanju prirodnjačke zbirke Republičkom zavodu za zaštitu prirode, u okviru kojega je egzistirala kao organizaciona jedinica do 1995. godine, kada je prerasla u samostalnu javnu ustanovu → Prirodnjački muzej Crne Gore. Prvi direktor Zavoda bio je inž. šumarstva → Mihailo Vučković. U organizacionoj strukturi Zavoda, među ostalim, postojalo je Odjeljenje za floru u kojem su u kontinuitetu poluvjekovnog trajanja Zavoda radili 5 botaničara (→ Vukić Pulević, → Zlatko Bulić, → Radomir Lakušić, → Sead Hadžiablahović i → Rajko Tripić), 1 mikolog (→ Gordana Kasom) i 2 inženjera šumarstva botaničkog usmjerenja (→ Mihailo Vučković i → Vesna Jovović). Za rad na brojnim projektima i temama koji su pokretani u Zavodu, angažovani su kao spoljnji saradnici ili konsultanti i ugledni botaničari iz drugih jugoslovenskih institucija. Osnovna djelatnost Zavoda u oblasti botanike bila je da na osnovu sopstvenih terenskih istraživanja, kao i raspoložive literature, prati i izučava karakteristične predstavnike flore Crne Gore: endemite, relikte, rijetke i ugrožene vrste i potrebu njihove zaštite. Isto tako, izučavane su i karakteristične biljne zajednice i njihova staništa radi izdvajanja rezervata i zaštićenih područja. Na tim osnovama, u tri maha su donesena rješenja o zaštiti pojedinačnih biljnih vrsta. Prema prvom rješenju, koje je doneseno 1968. godine, zaštićene su sljedeće vrste biljaka: Daphne malyana Blečić, → Dioscorea balcanica Košanin, → Ilex aquifolium L., Leontopodium alpinum Cass., → Ramonda serbica Pančić i → Taxus baccata L. Ovako mali broj vrsta stavljen je pod zaštitu iz razloga što u to vrijeme služba zaštite prirode u Crnoj Gori nije imala značajnijeg iskustva. Spisak zaštićenih vrsta u flori Crne Gore vremenom se proširivao, tako da je Zavod 1982. donio rješenje o stavljanju pod zaštitu 57 biljaka (uvrštenih u 43 roda i 29 familija). Rješenje koje je doneseno 2006. godine, a koje je i danas aktuelno, sadrži znatno proširen spisak vrsta, jer su osim biljaka – 274 paprati i cvjetnica, po prvi put, zaštićene alge i mahovine – 5 algi i 26 mahovina (23 prave mahovine i 3 jetrenjače). Istim Rješenjem zaštićeno je i 110 vrsta gljiva. Godine 2008, donijet je novi Zakon o zaštiti prirode, a 2009. i odluka o preimenovanju Republičkog zavoda za zaštitu prirode Crne Gore u Zavod za zaštitu prirode Crne Gore. Tokom postojanja, Zavod je realizovao brojne projekte o flori i vegetaciji Crne Gore, koji su se odnosili na nacionalne parkove, rezervate, kanjonske doline i drugo. U najznačajnije projekte koji su bili vezani za botanička istraživanja, ubraja se projekat kroz koji je izrađena Vegetacijska karta Jugoslavije – dio za Crnu Goru. Botaničari iz Zavoda neprekidno su sabirali herbarski materijal za potrebe prirodnjačke zbirke (najveći dio ovog herbara čuva se u Agenciji za zaštitu životne sredine). Egzaktna svjedočanstva o poluvjekovnom radu Zavoda mogu se pratiti preko izdavačke djelatnosti. Od 1968. godine Zavod izdaje časopis Glasnik (kao godišnjak) u kojem su publikovani brojni noviteti iz flore i vegetacije Crne Gore, a na prvom mjestu su dva priloga monografskog karaktera: Planinska vegetacija jugoistočnih Dinarida, autora Radomira Lakušića, 1968. godine i Prodromus biljnih zajednica Crne Gore, koji su publikovali Vilotije Blečić i Radomir Lakušić, 1976. godine. Od posebnih izdanja ističu se: Bibliografija o flori i vegetaciji Crne Gore, čiji su autori Vukić Pulević i Zlatko Bulić (II–IV tom, 1987, 2004, 2012) i Građa za vaskularnu floru Crne Gore, koju potpisuje Vukić Pulević (2005). Uredbom Vlade Crne Gore o organizaciji državne upave, 2012. godine, Zavod za zaštitu prirode Crne Gore, kao najstarija institucija u oblasti zaštite prirode u Crnoj Gori, ukida se i pripaja novoformiranoj instituciji, Agenciji za zaštitu životne sredine Crne Gore.