Bakterije, prokariotski mikroorganizmi, jednostavne morfološke građe. Najstariji su i najrasprostranjeniji oblici života na planeti Zemlji. Zbog izuzetno male veličine, potreban je mikroskop da bismo ih vidjeli. Karakteriše ih bogati diverzitet. U svijetu je opisano više od milion vrsta bakterija. Žive u svim ekosistemima, uključujući i one sa ekstremnim uslovima života. Njihova uloga ogleda se u dekompoziciji mineralnih nutrijenata, u stvaranju kiseonika, a poznati su i kao proizvođači organske materije u vodenim ekosistemima. Presudni su u biogeohemijskim ciklusima za recikliranje biogenih elemenata, kao što su: ugljenik (C), azot (N), sumpor (S) i drugi. Neke vrste u prirodi egzistiraju kao prirodni insekticidi, ubice biljnih štetočina. Imaju značajnu ulogu u bioremedijaciji, razgrađuju zagađivače životne sredine u manje toksične ili netoksične materije. Bakterije su organizmi koji mogu fiksirati azot iz atmosfere i prevesti ga u upotrebljivi oblik za biljke, zbog čega se primjenjuju kao biofertilizatori. Njihovi potencijali su nevjerovatni u sintezi antimikrobnih agenasa, enzima, raznih polimera i drugih metabolita, koji imaju široku primjenu u mnogim industrijama i biotehnološkim procesima.

U Crnoj Gori prva bakteriološka istraživanja vršena su u oblasti preventivne medicine i u te svrhe 1922. godine organizovana je Stalna bakteriološka stanica na Cetinju. Ubrzo, 1927. godine osniva se Higijenski zavod, koji prerasta u Institut za javno zdravlje Crne Gore (2004), koji se kroz Centar za medicinsku mikrobiologiju bavi dijagnostikom u otkrivanju uzročnika zaraznih i drugih bolesti prouzrokovanih bakterijama i drugim mikroorganizmima. Pored medicinskih istraživanja, šezdesetih godina prošlog vijeka ispituje se kvalitativni i kvantitativni sastav bakterija u vodenim ekosistemima Crne Gore sa sanitarno-epidemiološkog aspekta, a kao glavni parametri prate se indikatorske bakterije, koje pripadaju grupi koliforma, prije svega Escherichia coli i enterokoke. Ova istraživanja sprovodila su se najprije u tadašnjem Republičkom zavodu za zdravstvenu zaštitu Crne Gore u Titogradu, a kasnije u Republičkom hidrometerološkom zavodu u Titogradu.

Za potrebe zaštite biljaka u poljoprivredi, u okviru → Poljoprivrednog instituta u Titogradu (1961), današnjeg → Biotehničkog fakulteta Univerziteta Crne Gore, ispituju se patogeni biljaka i razrađuju mjere zaštite protiv njih. Značajan doprinos za bakteriološko dijagnosticiranje domaćih životinja i ispitivanja bakteriološkog kvaliteta hrane za životinje i hrane životinjskog porijekla daje stručni kadar Specijalizovane veterinarske laboratorije u Podgorici, osnovane 2005. godine.

Sa osnivanjem Zavoda za biologiju mora (1961), prvog naučnoistraživačkog centra u Kotoru, ispituju se bakterije u morskim ekosistemima i njihova aktivnost u organskoj produkciji Jadranskog mora. Od tada se u Crnoj Gori bakteriologija razvija u pravcu ekološke mikrobiologije, odnosno ispitivanja diverziteta bakterijskih zajednica, fizioloških grupa bakterija i njihove aktivnosti, njihove vertikalne i horizontalne distribucije u Bokokotorskom zalivu i Jadranskom moru. Pionir u tim istraživanjima bila je → Bosiljka Ristanović sa saradnicima, koja je prve studije bakterijske flore sedimenata, sa posebnim osvrtom na sumporne i gvožđevite bakterije, u zalivu i kanalu Milena (Porto Milena) u blizini Ulcinja, publikovala 1966. godine. Osnivanjem Odsjeka za biologiju na → Prirodno-matematičkom fakultetu Univerziteta Crne Gore (1991) crnogorski naučnici se povezuju sa istraživačima iz oblasti ekološke mikrobiologije iz regiona i širom Evrope kroz naučnoistraživačke projekte. Od posebnog značaja su bili: EULIMNOS, DRIMON i NEWEN i zahvaljujući sredstvima iz tih projekata i saradnji sa Univerzitetom u Hajdelbergu (Njemačaka) formirana je mikrobiološka laboratorija na fakultetu i JU Ekološko edukativni centar na Virpazaru (2008). Formiranju i razvoju mikrobiološke laboratorije na PMF-u u pogledu implementacije savremenih metoda i uključivanja mladih u istraživanja kroz master i doktorske studije značajan doprinos dali su: Dragutin Đukić, Svetlana Nikčević-Perović, Andrej Perović i Hener Hollert. Od 2004. godine pa do danas na Studijskom programu Biologija, bakteriologija se razvija u dva pravca: prvi u kome se bakterije koriste kao model organizmi u toksikološkim istraživanjima i ispitivanju antimikrobnih agenasa porijeklom iz biljaka sa crnogorskog područja i drugi, istraživanja filogenetskog diverziteta bakterijskih zajednica → Skadarskog jezera i Bokokotorskog zaliva.