Klasifikacija, dio taksonomije koji se bavi svrstavanjem organizama u uređen i hijerarhijski sistem taksonomskih kategorija. Kako su se znanja o živom svijetu mijenjala, tako se mijenjala i klasifikacija. Prvi pokušaj klasifikacije biljaka potiče od Teofrasta, utemeljivača botanike. On je opisao oko 100 biljnih vrsta, a onda ih i klasifikovao na: drveće, žbunje, polužbunje i zeljaste biljke. Od tog vremena pa do danas u istoriji klasifikacije se izdvajaju 4 perioda: opisne i praktično korisne klasifikacije, vještačke klasifikacije, klasifikacije prirodnih sistema i filogenetske klasifikacije. Prvi period, koji je najduže i trajao (do kraja srednjeg vijeka), rezultirao je opisima biljaka i klasifikacijom po njihovoj upotrebi (aromatične, hranljive, ljekovite, za pravljenje vina, medonosne i druge). Najistaknutiji stvaraoci ovog perioda su Dioskorid i Plinije Stariji. Sistem vještačke klasifikacije je obilježio kasni XVI i XVII vijek. Broj novoopisanih biljaka se naglo uvećavao, pa je to nametnulo potrebu za sistematizovanjem znanja, usaglašavanjem načina imenovanja vrsta, tj. nomenklature, a onda i klasifikacije. I tako je Andrea Cesalpino svoj sistem klasifikacije zasnovao na morfološkim karakteristikama, prvenstveno ploda, a onda vegetativnih organa biljaka, primijenio metodologiju „klasifikacije prema dolje” i raščlanio 32 grupe biljaka. U to doba su stvarali i: Gaspard Bauhin, Joachim Junguis, Robert Morison, Augustus Quirinus Rivinus, John Ray (čijih se 6 pravila klasifikacije koriste i danas), Pierre Magnol, Joseph Pitton de Tournefort i drugi. Međutim, najupečatljivija ličnost je Carl von Linné. Svoju klasifikaciju biljaka bazirao je na karakteristikama cvijeta i ploda, izdvojio 24 klase, koje je dalje podijelio na redove, porodice, rodove i vrste. Osmislio je i binarnu nomenklaturu, koja je i danas aktuelna. Njegov sistem iako je bio pregledan, precizan i veoma koristan za određivanje biljaka, imao je jedan nedostatak, a to je da nije oslikavao uzajamne odnose između biljaka. Upravo njima teže prirodni sistemi klasifikacije, koji su obilježili XVIII vijek. Međutim, oni su bili bazirani na preevolucionom razmišljanju, koje je odražavalo „božji plan stvaranja svijeta”. Najznačajniji sistematičari tog doba su: Michel Adanson, Jean-Baptiste Lamarck i drugi. Pojava Darvinove teorije evolucije označava početak filogenetskog perioda klasifikacije i opšte prihvatanje koncepta o promjenljivosti vrsta. Period prelaznih filogenetskih sistema obilježili su: August Wilhelm Eichler, Gustav Heinrich Adolf Engler, Karl von Prantl, a pravih filogenetskih sistema: Charles Bessey, Hans Hallier, John Hutchinson, Robert Thorne, Armen Takhtajan, Arthur Cronquist, Kenneth Robert Sporne, George Stebbins, Rolf Dahlgren. Na klasičnu filogenetsku klasifikaciju se nadovezao kladistički pristup tumačenja srodničkih odnosa. Oni skupa čine integralni dio aktuelnog filogenetskog istraživanja u sistematici i klasifikaciji. Od 1990-ih postoji APG (Angiosperm Phylogeny Group), međunarodna grupa za filogeniju cvjetnica, koju predstavlja tim od tridesetak botaničara. Koristeći metode molekularne sistematike, kladistike i numeričke → taksonomije, oni se bave utvrđivanjem filogenetskih odnosa unutar cvjetnica, kao i između cvjetnica i drugih grupa kopnenih biljaka.