NATURA 2000, mreža zaštićenih područja u zemljama Evropske unije, koja se temelji na Habitat direktivi (Direktiva o staništima) i Ptičijoj direktivi. Ova dokumenta čine osnovu politike EU u oblasti zaštite biodiverziteta. Sadrže spiskove biljnih i životinjskih vrsta, kao i opise i distribuciju staništa, koje je potrebno štititi. NATURA 2000 mreža zauzima oko 18% površine kopna i oko 6% morske povšine zemalja članica EU. Korišćenje područja koja joj pripadaju mora počivati na strogim principima održivog razvoja i očuvanja biološke raznovrsnosti. Uspostavljanje NATURA 2000 mreže u Crnoj Gori započeto je 2016. godine, a prethodile su mu opsežne pripreme u vidu sakupljanja svih relevantnih literaturnih podataka. Realizacija projekta podrazumijeva detaljna terenska istraživanja i kartiranja vrsta i staništa koja su prisutna na teritoriji Crne Gore, a značajni su za EU. Na temelju ovih istraživanja biće odabrana NATURA 2000 područja. Do sada je u Crnoj Gori zabilježeno 17 vrsta vaskularnih biljaka, koje se nalaze na Aneksu II Direktive o staništima. Pored Nacionalnih parkova, potencijalna područja NATURA 2000 mreže u Crnoj Gori su: kanjon Komarnice, doline Ćehotine i Lima, Moračke planine i druga područja izuzetnih prirodnih odlika.