Morske (marinske) alge, alge koje prema mjestu življenja dijelimo na fitobentos i fitoplankton (od grčkih riječi phyton – biljka, benthos – dno i planktos – lebdeći). Fitobentos je u prošlosti bio uglavnom nedostupan oku istraživača, a u odnosu na ribarstvo i jestive resurse iz mora, bio je od daleko manjeg ekonomskog, pa i naučnog interesa. Ipak, Jadransko more je krajem XIX vijeka bilo među najbolje floristički istraženim morima, čemu je doprinijela blizina univerzitetskih centara u Bolonji, Padovi, Beču, Trstu i drugima. Tako su istraživači Giuseppe Meneghini (1811–1889), Giuseppe Zanardini (1804–1878), Giovanni Domenico Nardo (1802–1877), Matija Botteri (1808–1878) i drugi davali prve prikaze morskih algi, kao i drugih organizama, uglavnom za sjeverni Jadran, dok je Hauck Ferdinand 1872. godine prvi put u svijetu na osnovu materijala iz Jadranskog mora obavio analizu „cvjetanja” fitoplanktona. Prvi nalaz za morsku floru na Crnogorskom primorju datira iz 1857. godine, kada → Ludwig Ritter von Heufler publikuje prilog o 11 vrsta morskih makro-algi kod Kotora, koje je sakupio vojni ljekar Edl. v. Lehnmaier 1835. godine. Ali o morskim algama ovog područja, praktično, tek su nakon jednog vijeka publikovani novi podaci.

Taksonomska istraživanja fitoplanktona je radio Joseph Schiller u periodu 1914–1928. godine, zatim → Ante Ercegović 1937. godine, koji je karakteristike fitoplanktona istraživao u poređenju sa hidrografskim karakteristikama Bokokotorskog zaliva. Istraživanja koja su kasnije obavljena: → Miroslava Dobrosavljević (1971), → Damir Viličić (1983), Pavel Venediktov i saradnici (1989), Dušan Vukanić i saradnici (1989) obuhvatala su samo sezonske analize, dok su Sreten Mandić i Jovan Stjepčević (1972), Miroslava Dobrosavljević (1983) i Damir Viličić (1986, 1989) istraživali fitoplankton Bokokotorskog zaliva tokom cijele godine. Najveći doprinos istraživanju fitoplanktona kod nas dao je → Nenad Vuksanović, počev od 1983. pa do 2013. godine, kao i → Slađana Krivokapić (radovi publikovani u periodu 2005–2010), a poslednjih 10-ak godina se tim istraživanjima bavi → Dragana Drakulović. Tokom ovih istraživanja proučavan je kvalitativni i kvantitativni sastav fitoplanktona, a rađen je i preračun indeksa trofičnosti. Rezultati su pokazali povremenu dominaciju dijatomeja i kokolitoforida i to posebno u hladnijem periodu godine, dok u ljetnjem periodu dominiraju dinoflagelate, i to posebno rod Prorocentrum Ehrenberg. Razna istraživanja su potvrdila prirodnu mezo-eutrofičnost Bokokotorskog zaliva, koja je zbog antropogenog uticaja na ivici prelaženja u eutrofno područje i povremeno intenzivno cvjetanje mora – prenamnožavanje algi praćeno promjenom boje mora je evidentno. Zbog prisustva potencijalno toksičnih algi, kao i niza promjena koje nastaju u eutrofnom području, trebalo bi preduzeti neophodne mjere za očuvanje stanja ovog osjetljivog ekosistema kakav je Bokokotorski zaliv. Nakon prvog navoda o morskim makroalgama na Crnogorskom primorju u XIX vijeku, Josip Linardić 1940. godine objavljuje rad o jadranskom bračiću (→ Fucus virsoides J. Agardh.), endemskoj vrsti Jadranskog mora, čija je južna granica areala upravo u Bokokotorskom zalivu. Ante Ercegović je u svom radu o Jadranskim cistozirama (1952) za Crnogorsko primorje naveo samo nekoliko vrsta, jer je i broj istraživanih lokacija bio veoma mali, pa je pregled cistozira dopunila → Vesna Mačić, tek 2010. godine. Nakon Anta Ercegovića su uslijedili radovi Gordana Karamana i Helene Gamulin-Brida (1970) koji su istraživajući bentoske (pridnene) biocenoze Bokokotorskog zaliva i naveli prisustvo zajednica 3 morske trave (→ Posidonia oceanica (L.) Delile, → Cymodocea nodosa (Ucria) Asch. i Zostera sp.), kao i zajednice fotofilnih algi (navedeno 10 vrsta). → Attilio Solazzi (1971) za Bokokotorski zaliv navodi 48 vrsta bentoskih makro-algi, dok su prva detaljnija istraživanja fitobentosa na Crnogorskom primorju uradili → Ante Špan i → Boris Antolić (1983, 1987. i 1990). Do sada je ukupno registrovano 367 morskih makroalgi, i to 73 zelene (Chlorophyta), 77 smeđe alge (Heteroconthophyta) i 217 crvenih algi (Rhodophyta), kao i četiri vrste morskih trava (Posidonia oceanica (L.) Del., Cymodocea nodosa (Ucria) Asch., → Zostera noltei Hornem., Zostera marina L.).

Analiza zastupljenosti pojedinih flornih elemenata iz različitih fitogeografskih regija u bentoskim florama južnog i srednjeg Jadrana je pokazala da su u obje flore prisutni elementi istih fitogeografskih regija, koji su inače u Jadranu rasprostranjeni, ali sa drugačijom brojčanom zastupljenošću. To se posebno odnosi na predstavnike atlantsko-mediteranske (58%) i endemsko-mediteranske regije (26%), koji su najbrojniji i u južnom Jadranu su prisutni sa 84% od svih determinisanih taksona. Od endemičnih vrsta Jadranskog mora na Crnogorskom primorju prisutna je samo jedna vrsta (Fucus virsoides J. Agardh). Ovakva situacija sa malim brojem jadranskih endemičnih elemenata i velikim učešćem atlantsko-mediteranskih elemenata je već konstatovana za južni Jadran i razlikuje se od srednjeg Jadrana koji ima više endemsko-jadranskih, a manje atlansko-mediteranskih elemenata, te pokazuje specifičan jadranski karakter.